En Baeza fundó San Juan de la Cruz en Junio de 1579 el famoso Colegio de San Basilio. El mismo Santo lo organizó y dirigió comp. Primer Rector durante varios años. Abandonado a causa de la exclaustración, fue destinado a diversos usos. No ha podido ser recuperado a pesar de los muchos intentos que se han hecho.
La Ciudad se dolía por no tener ningún convento de religiosos, cuando en siglos anteriores habían existido tantos. Las Carmelitas y otras personas deseaban fuesen nuestros padres los que fundasen y así lo pidieron en varias ocasiones, aunque sin éxito.
El Ayuntamiento ofreció el hospital de la Purísima para la fundación. Teniendo necesidad de edificar un nuevo Colegio Teresiana, se aceptó el ofrecimiento en diciembre de 1953. No hubo dificultad alguna para conseguir los necesarios permisos del Obispado y de la Dirección General de Administración Local, que tenían que autorizar la cesión del edificio.
El 5 de mayo de 1954, la Sagrada Congregación de Religiosos extendía el rescripto fundacional, que fué ejecutado tres días más tarde por el Padre General. Desde el mes de abril estaba en Baeza, hospedándose en las Carmelitas Descalzas, el Padre Raimundo de San Juan de la Cruz, ocupándose de todos los trámites necesarios. Otorgada por el Ayuntamiento, en agosto, la escritura de cesión permanente y gratuita del Hospital, inmediatamente tomaron posesión y se inició la vida regular.
La iglesia, aunque pequeña y de una sola nave, estaba en muy buen estado. Se la dotó espléndidamente de todo 10 necesario para el culto y se construyó otra nave semejante, formando escuadra con la ya existente. El vértice de las dos 10 forma el presbiterio.
El proyecto del Colegio se debe al arquitecto granadino D. Ambrosio del Valle Sáenz. En torno a un patio central, de buenas proporciones y con galería de columnas, se levantan las cuatro alas, de que consta el edificio, con cuatro plantas y sótano.
Muy adelantadas estaban las obras, cuando el Visitador General, P. Alberto, mandó pararlas y suprimir la fundación. Alarmada la ciudad, recurrió a todos los medios, para hacerle desistir de su propósito. Al principio no quiso ceder, pero abrió un resquicio a la esperanza al decir se elevara un escrito al Provincial, que era por entonces el P. Mariano, quien prometió todo su apoyo. Reunidas todas las corporaciones locales, acordaron nombrar una comisión, que se trasladó a Sevilla a tratar con el Visitador y el Definitorio Provincial. Se reunieron escritos y recomendaciones de todas las autoridades y fuerzas vivas del pueblo. Todos los conventos de religiosas estaban en oración. Estaban dispuestos a trasladarse a Roma y ya habían conseguido cartas de recomendación para la Embajada Española. No fue necesario. Ante tanto ruego el Padre Visitador se ablandó y, con las siguientes condiciones, accedió a que continuase la fundación:
1. La casa sería destinada para los recién profesos, aunque la Orden pudiese después destinarla a otro fin.
2. Los planos se adaptarían 10 mejor posible al nuevo destino que se daba al edificio y se construirían al menos veinte celdas para los profesos y ocho para los Padres.
3. Se crearía una comisión, presidida por los Padres que el Definitorio Provincial designase, que se haría cargo de obtener los medios económicos para llevar a cabo la construcción del edificio, que correría totalmente por cuenta de la Comisión.
Se creó la comisión y continuaron las obras. Pero era imposible que ésta consiguiera las cantidades necesarias para terminar el edificio y la Provincia no creía conveniente fuese destinada a casa de profesos.
Las cosas se agravaron en extremo al desplomarse una de las alas del edificio.
Con el tiempo se consiguió que el Definitorio General permitiese darle otro destino a la fundación. Antes se habían iniciado los trámites para convertirlo en Colegio Menor; ahora se volvió a aquella idea y se reanudaron las negociaciones con el Ministerio de Educación y Ciencia, que concedió un crédito préstamo. Se pudieron terminar las obras y el Colegio Menor con el título de “San Juan de la Cruz” pudo ser inaugurado el 15 de Octubre de 1967. Siendo el edificio de gran capacidad, pudo trasladarse a él también el Colegio Teresiano de Córdoba, idea primitiva que moviera a los Superiores a aceptar el ofrecimiento del Ayuntamiento de la ciudad.
Posteriormente, la falta de vocaciones y la falta de sentido de mantenimiento del Colegio Menor, hacen que en 1985 se permute con el Ayuntamiento el solar del Colegio por la iglesia y a partir de 1989, la comunidad abandona la ciudad de Baeza para, seguir atendiendo la iglesia desde el vecino convento de Úbeda.