Llegan los Carmelitas Descalzos a Badajoz el 8 de septiembre de 1982. Procedentes de la antigua y recién levantada fundación de Zafra. Tras bastantes peripecias y dos asentamientos distintos en sendos chalets de la zona, la Parroquia se terminó, al mismo tiempo que el nuevo convento. Se bendijo e inauguró el 22 de marzo de 1987.

Muchas habían sido las vicisitudes vividas por los Carmelitas desde su llegada a la Provincia de Badajoz.

Su primera presencia de la Provincia había sido Zafra. En dicha ciudad florecía, desde 1736, una comunidad de Carmelitas Descalzas (también hoy desaparecida). Existía, también, en la parte alta de la ciudad una iglesia dedicada a la Santa española Marina de Pomares, muy venerada en el siglo XIV. En ella se estableció una comunidad de beatas, llamadas Emparedadas, que en 1521 adoptaron la regla de Santa Clara. En el siglo XVII el Duque de Feria les reconstruyó todo el convento e iglesia, que quedaron adosados a su palacio, dotando a la comunidad convenientemente. Después pasó a ser propiedad y patronato de los duques de Medinaceli. Con la francesada tuvieron las monjas que dejar su convento, y ya no volvieron a él. En 1898 fundaron los Dominicos, que vivían en el palacio de los Duques de Feria y usaban la iglesia de Santa Marina; pero en 1903 abandonaron la ciudad.

Los Carmelitas interesaron al obispo de Badajoz, D. Félix Soto, quien tomó como obra propia el conseguir la venida de los Carmelitas. En 1907 escribió al P. Fernando proponiéndole la fundación. Éste se trasladó a Zafra, vio lo que se le ofrecía, quedó muy complacido y en su visita al obispo aceptó de palabra la fundación. Hubo que consultar al General, porque pedía el Prelado se encargaran de una escuela de niños y adultos. Durante este año tuvo el Obispo unas cuantas entrevistas con el P. Estanislao en Fregenal de la Sierra, que le hizo desistir de la idea de la escuela. Muerto el P. Fernando, el P. Bonifacio delegó en el P. Luís del Purísimo Corazón de María para que continuase las negociaciones. El Obispo presentó las bases para hacer un contrato, pero fueron necesarias largas discusiones para modificar algunos puntos. Presentado el esquema definitivo, como el Obispo, por haber caído enfermo tardase en dar su contestación, el P. Bonifacio, interpretando el silencio como falta de interés por parte del Prelado, desistió de la fundación alegando falta de personal y así se lo comunicó. Rápidamente protestó éste por la medida tomada y el 10 de junio de 1908 escribía una larga carta que satisfizo al P. Bonifacio. Se mandaron las bases con todas las correcciones exigidas al Definitorio General, que las aprobó el 10 de Octubre. Alquilada la casa llamada de la Bomba, propiedad del Duque de Medinaceli y hechos los arreglos oportunos, el día 1 de enero de 1909 se tomaba posesión y comenzaba la vida regular. Componían la Comunidad el Superior, P. Luís M.ª del Sagrado Corazón de Jesús, que había llevado últimamente las negociaciones, dos Padres y un Hermano.

El contrato da una configuración especial a esta fundación. He aquí, en resumen, su contenido:

1. El Obispo cede la iglesia de Santa Marina, que continuará siendo considerada ayuda de la parroquia, aunque los religiosos no tendrán obligación de desempeñar ministerio parroquial y gozarán de todas las exenciones, como si fuese iglesia propia.
2. Se arrienda para habitación de los religiosos y a nombre de ellos, la casa de la Bomba, aunque el alquiler lo pagará el Obispo.
3. El Obispo pagará a la Comunidad 5.000 pesetas cada año.
4. El Obispo da 5.000 pesetas para los gastos que ocasiones la instalación de los religiosos y las reparaciones necesarias.
5. La Comunidad tendrá siempre cuatro sacerdotes.
6. La Comunidad tendrá todos los derechos y obligaciones, que tienen todas las fundaciones.
7. Los domingos y días festivos, tendrán catecismo para niños y adultos y una misa rezada.
8. Durante la Cuaresma predicarán dos sermones morales cada semana y darán cuatro misiones cada año por los pueblos de la diócesis.
9. Tendrán el cargo de confesores de las comunidades religiosas, que se les asignen.
10.  El contrato es válido por diez años y se entenderán renovado por otros diez, si con un año de antelación no se rescinde.

Un año estuvieron en la casa de la Bomba. Dificultades con el administrador del Duque de Medinaceli obligaron a los Padres a hacer las gestiones necesarias para cambiar de residencia. Las Carmelitas compraron entonces la casa contigua a la iglesia, que fue puesta a nombre del Obispado y cedía en usufructo a los Padres. El antiguo coro bajo de las monjas se transformó en refectorio, construyendo sobre él dos pisos más y con los locales de la casa contigua se pudo instalar bastante cómodamente la Comunidad, que por las cláusulas del contrato ya hemos visto a qué se dedicaba.

El 15 de septiembre de 1928, ya que al año siguiente expiraba el contrato firmado, el Definitorio Provincial pidió al Obispo de Badajoz, que tuviera a bien conceder sin más limitaciones la fundación, a lo que ésta accedió gustosísimo. El 17 de octubre el Nuncio de Su Santidad en Madrid concedía al P. Bonifacio facultad para hacer la erección canónica, ejecutándose el Rescripto el 29 de octubre y comenzando la vida regular el 1 de noviembre del mismo año 1928.

El 3 de agosto de 1954, la Santa Sede concedía el cambio del antiguo título de la iglesia por el de Nuestra Señora del Monte Carmelo.